Kolegiata p.w. Zmartwychwstania Pańskiego i św. Tomasza Apostoła jest jedną z najwspanialszych świątyń w polskiej architekturze nowożytnej, zabytkiem klasy „0”.
Ufundowana została przez założyciela miasta, kanclerza Jana Zamoyskiego i wzniesiona niemal całkowicie wg proj. i pod nadzorem jego nadwornego architekta Bernarda Moranda w latach 1587—98. Prace we wnętrzu nie zostały jednak ukończone przed śmiercią architekta (1600) i fundatora (1605). Dekoracje sklepień naw i kaplic zrealizowano dopiero za Tomasza Zamoyskiego, w 1. 1618—30. Konstrukcja architektoniczna świątyni została zachowana do dziś, z pewnymi zmianami dokonanymi podczas przebudowy w latach 1824—26 przeprowadzonej przez Korpus Inżynierów Wojskowych pod dowództwem gen. Mallet-Malletskiego. Zmieniono wówczas elewacje i obniżono szczyty oraz usunięto wszystkie napisy i herby Zamoyskich, jak również wiele cennych zabytków historycznych z wyposażenia wnętrza. Odbyło się to na wyraźne polecenie brata cara, wielkiego księcia Konstantego, komendanta Wojsk Polskich, któremu chodziło o zatarcie wotywno-zwycięskiego charakteru świątyni ufundowanej przez polskiego hetmana. W czasie renowacji kolegiaty w 1951 odkryto spod tynków na elewacjach bocznych część pierwotnego detalu kamiennego.
Stosownie do rangi czołowej katolickiej świątyni w ,.państwie zamojskim” program jej architektury został pomyślany jako niezwykle okazały, niejako katedralny. Liczne kaplice miały odpowiadać liczbie kanoników, którzy byli jednocześnie profesorami Akademii Zamojskiej. Zarówno kolegiata, jak i Akademia miały wyznaczoną określoną rolę w walce z innowierstwem, zwłaszcza ze schizmą kościoła prawosławnego (tu w 1720 odbył się synod zamojski). W kolegiacie miały miejsce uroczystości ,,koronacyjne” kolejnych ordynatów, a więc uroczysta przysięga na wierność statutowi ordynacji, składana na ręce infułata w stroju pontyfikalnym. Świątynia stała się też mauzoleum dynastii ordynatów Zamoyskich. Jednym słowem, pełniła taką funkcję w „państwie zamojskim”, jak katedra wawelska w państwie polskim. Zresztą w XVII w. projektowano przeniesienie stolicy biskupstwa chełmskiego do Zamościa i podniesienie kolegiaty do godności katedry.
Kolegiata ma bryłę dosyć przysadzistą, złożoną z kwadratowego trójnawowego korpusu bazylikowego z kaplicami i z niewielkiej części prezbiterialnej. Wyjątkowy w polskiej architekturze plan świątyni nawiązywał do kościołów włoskich z XV i XVI w. Proporcje kolegiaty (dł. 45 m, szer. 30 m), o prostych stosunkach liczbowych 3 : 2, powtarzały proporcje całego miasta; świątynia była piętnastokrotnym pomniejszeniem wielkości miasta. W obydwu wypadkach posłużono się jednakową jednostką mierniczą, dlatego też kościół stanowił harmonijnie współbrzmiący element całej kompozycji idealnego miasta. Elewacje zewnętrzne, niegdyś bardziej bogate, urozmaicają arkadowe podziały z doryckimi pilastrami. We fryzie belkowania widoczne są ślady po skutych w XIX w. dekoracyjnych motywach doryckich tryglifów i me-top. Na gzymsach można dostrzec wyryte litery będące nie tylko znakami montażowymi, ale mające ciekawe znaczenie symboliczne. Każde z 23 przęseł otrzymało oznaczenie jedną z liter alfabetu, a wszystkie przęsła opasały całą kolegiatę pełnym alfabetem łacińskim od A do Z, począwszy od pn.-zach. narożnika „węgielnego”. W ten sposób nawiązano do symbolicznego znaczenia greckich liter Alfy i Omegi — symbolu Chrystusa Mistycznego, utożsamianego z Kościołem. Wieloboczne prezbiterium ma wyjątkowe w europejskiej architekturze manierystycznej rozwiązanie w postaci bliźniaczych okien znajdujących się na załamaniu ścian. Okna o gotyckiej smukłości mają piękną, finezyjną oprawę kamienną z plecionkami. Boczne portale wyznaczają nie tylko poprzeczną oś kościoła, ale stanowią też przedłużenie osi urbanistycznej: kolegiata — Akademia, łączącej te dwie instytucje tak niegdyś ściśle ze sobą związane.
Wnętrze zaskakuje widza smukłymi, „gotyckimi” proporcjami, charakterystycznymi dla architektury manierystycznej (wys. nawy głównej 20 m, szer. 10 m). Smukłe filary i wysoko zawieszone sklepienia naw bocznych zacierają wrażenie systemu bazylikowego i przybliżają wygląd wnętrza do halowego. Urzekająca jest perspektywa przestrzennego wnętrza, szlachetny, prosty rytm wysokich, wąskich arkad i filarów z wydłużonymi ponad wszelką klasyczną miarę korynckimi pilastra-mi. Rozładowanie wrażenia wertykalizmu następuje jednak dzięki niskim kaplicom, które wydatnie poszerzają wnętrze. Rytmikę wnętrza podkreślają ciosowe elementy architektoniczno-rzeźbiarskie, odcinające się ciemną linią czy plamą od jasnych powierzchni ścian. Zagadkowy i pomysłowy jest, choć słabo rzeźbiony, cykl głów (na przemian męskie i żeńskie, m. in. Egipcjanka, królowa, żołnierz, poeta) na kamiennych kluczach arkad nawy głównej. Reprezentują one zapewne różne narody, stany, zawody, jednym słowem symbolizują całą ludzkość zjednoczoną w Kościele Powszechnym. Geometryczno-promienisty układ sieci sztukaterii (zapewne proj. J. Jaroszewicza) na sklepieniach naw i kaplic jest typowy dla tzw. renesansu lubelskiego 1 poł. XVII w.