W trzeciej kaplicy, Chrystusa Ukrzyżowanego, ołtarz z połowy XVIII w. z bogatymi przedstawieniami rzeźbiarskimi o tematyce Pasji. Znakomitym dziełem sztuki jest tu krucyfiks rokokowy o wyjątkowo dramatycznej ekspresji.
W kaplicy ostatniej, Matki Boskiej Łaskawej, za przedsionkiem, w ołtarzu niewielki obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem, zw. Odwachowską, niegdyś bowiem znajdował się na odwachu pod schodami ratusza. Jest to przedstawienie typu „czarnych” Madonn, malowane na desce, ze srebrną pozłacaną sukienką; w obramieniu liczne wota. Obiekt słaby artystycznie, ale cieszący się od połowy XVIII w. specjalnym kultem wiernych. Zakrystia i położony nad nią skarbiec przy prezbiterium od pn. — to pierwotna kaplica Sw. Krzyża, otwarta dawniej arkadą od nawy bocznej, przerobiona i podzielona na 2 kondygnacje w l. 1790—92. W skarbcu przechowuje się cenniejsze sprzęty liturgiczne, stanowiące w niemałym stopniu dary ordynatów Zamoyskich. Dużą wartość zabytkową i artystyczną mają najstarsze obiekty ufundowane przez pierwszych ordynatów. Z darów kanclerza Jana Zamoyskiego pochodzą 2 piękne kryształowe relikwiarze — św. Tomasza i sukni NMP (początek XVII w.), a także szaty liturgiczne, m. in. biały ornat z datą 1583 oraz komplet (kapa, ornat, 2 dalmatyki) z wiśniowej, atłasowo-brokatowej tkaniny z herbami Jelita, specjalnie wykonanej na polecenie fundatora w 1600 we Florencji.
Również drugi ordynat, Tomasz Zamoyski, odznaczał się hojnością: ufundował kilka ornatów, wśród których 2, zielony i czerwony, grubo haftowane, sprzed 1618, noszą jego inicjały. Są też naczynia fundacji Katarzyny z Ostrogskich Zamoyskiej. Z obiektów ufundowanych przez Marcina Zamoyskiego wymienić należy barokową monstrancję z datą 1685 oraz srebrny krzyż procesjonalny z 1687. Wśród innych historycznych pamiątek szczególnie cenna jest alba koronacyjna Stefana Batorego (długa koszula z białego płótna z długimi rękawami i rozcięciami) oraz kilka portretów ordynatów z XVIII w. Najstarszym zabytkiem jest późnogo-tycka misa z ok. 1500 ze sceną Zwiastowania NMP. Skarbiec jest dla zwiedzających niedostępny, ale część jego zawartości — szaty liturgiczne — była już kilkakrotnie eksponowana w kolegiacie.
W przedsionku pn. barokowa kropielnica z czarnego marmuru dębnickiego z 2 poł. XVII w., .przeniesiona z kościoła Bernardynów w Radecznicy po kasacie tegoż konwentu, gdzie służyła w zakrystii jako lawaterz. Drzwi wejściowe obite żelazną blachą z dekoracyjnymi zawiasami i zamkiem.
Na pd. od kolegiaty usytuowana jest Infułatka, piętrowy dom dziekanów zamojskich, wzniesiony w końcu XVI w. przez B. Moranda. Dom został przebudowany ok. 1620 przez Mikołaja Kiślickiego, pierwszego infułata i dziekana zamojskiego, o czym świadczy bogato rzeźbiony wczesnobarokowy portal z doryckimi kolumnami w pn. fasadzie, z herbem fundatora (Prus) w bogatym kartuszu pod infułą i z inicjałami NKDZ. W parterze renesansowe kamienne obramienie okienne z guzami. We wnętrzach skromniejsze portale i sklepienia z dekoracją listwowo-sztukateryjną, również z herbami Kiślickiego. W czasie okupacji niemieckiej dom był zajęty na urząd telegraficzny. Mieścił się on tutaj do 1955. Zwrócony wówczas duchowieństwu, jest nadal siedzibą dziekana zamojskiego. W czasie prac konserwatorskich w 1970 odkryto dolną partię zasypanego portalu głównego.
Dzwonnica, wzniesiona przy Kolegiacie od pn., stanowi ważny akcent urbanistyczny, gdyż zamyka swą smukłą bryłą ul. Akademicką i akcentuje poprzeczną oś kolegiaty wyznaczoną bocznymi portalami świątyni. Została wzniesiona jako barokowa w l. 1760—75 wg proj. Jerzego de Kawe i niezbyt szczęśliwie przebudowana w l. 1930—31 przez Mariana Wtorzeckiego (górna kondygnacja z pseudo-barokowym hełmem). Wiszą tu 3 zabytkowe dzwony, z których godny uwagi jest wielki „Jan”, ufundowany przez Jana Zamoyskiego Sobiepana w 1662, odlany przez lubelskiego ludwisarza Mikołaja de la Marche. Dwa inne — „Wawrzyniec” ufundowany w 1715 przez Wawrzyńca Sikorskiego, dziekana zamojskiego oraz „Tomasz” fundacji Tomasza Józefa Zamoyskiego z 1721 — zostały odlane przez Beniamina Witwercka, ludwisarza gdańskiego. Potężne pierwotne zawieszenie drewniane „Tomasza” (wymienione w 1970 na stalowe) można oglądać przy murze w pobliżu dzwonnicy. W przejściu pod dzwonnicą umieszczono tablicę ku czci 9 pomordowanych przez hitlerowców księży dziekanatu zamojskiego.
Na pn. od kolegiaty, przy ul. Akademickiej, piętrowy dom wikariuszy z 1 poł. XVII w., przebudowany dwukrotnie w XVIII w. W czasach Królestwa Polskiego mieścił pocztę. Skromne fasady zwieńczone są barokowym belkowaniem. Zabytkowy charakter mają we wnętrzu długie korytarze, w obydwu kondygnacjach sklepione kolebkowo. W elewacji pn., od strony ul. Lenina — skromny portal. W domu mieści się kancelaria kolegiaty, gdzie są przechowywane cenne akta metrykalne zachowane od 1658.