W drugiej kaplicy pd., Infułackiej, za przedsionkiem obraz ołtarzowy z wizerunkiem św. Mikołaja bpa i klęczącą parą królewską. W lewym rogu u dołu postać fundatora obrazu ks. Mikołaja Kiślickiego, dziekana zamojskiego. Obraz pochodzi z 1613 i jest dziełem artysty -ze środowiska lwowskiego. Trzecią kaplicę, Relikwii (p.w. św. Tekli lub Marii Magdaleny), oddziela drewniana krata architektoniczna o formach eklektycznych, barokowo-gotyckich, z 2 poł. XIX w. W barokowym ołtarzu z połowy XVII w. została zgromadzona pokaźna liczba relikwiarzy w kształcie trumienek. Wyróżnia się barokowy srebrny relikwiarz św. Jana Kantego, patrona Akademii Zamojskiej, z figurami aniołów podtrzymujących berła uniwersyteckie, dzieło złotników krakowskich z 1702. Nad nim snycerski relikwiarz z figurką świętej, zapewne dzieło lwowskiej szkoły rzeźbiarskiej z 3 ćwierci XVIII w. Antepedium ołtarza, malowane na desce, przedstawiające Marię Magdalenę w pustelni, jest barokowe z połowy XVII w. Naprzeciw ołtarza duże epitafium z jasnobrązowego marmuru — Tomasza Oleśnickiego, starościca bełzkiego (zm. 1622), ozdobione dwiema tarczami herbowymi i ornamentami, sygnowane monogramem artysty AF.
Czwarta kaplica, z zamurowaną arkadą wejściową, przebudowana w XVIII w., mieści cenną bibliotekę kapituły zamojskiej, zawierającą ok. 2 tys. woluminów, głównie starodruków z pięknymi oprawami.
Na trzecim filarze od strony nawy głównej umieszczona jest skromna, z ciemnobrązowego marmuru, tablica epitafijna Szymona Birkowskiego (zm. 1626), znakomitego filologa, profesora medycyny i wieloletniego rektora Akademii, brata znanego kaznodziei i pisarza Fabiana Birkowskiego.
Kamienny chór muzyczny z 1601 stanowi wielkich rozmiarów dzieło rzeźbiarskie. Jego struktura przypomina trójprzęsłową loggię arkadową na korynckich kolumnach, pokrytą płaskorzeźbami. Projektant tego dzieła, B. Morando, zastosował tu oryginalne i jedyne w Polsce rozwiązania konstrukcyjne będące przykładem wirtuozerii manierystycznej. Skrajne arkady frontowe chóru nie spoczywają na kolumnach czy filarach, ale oparte są na kluczach niskich arkad poprzecznych. Niezwykłość tego ujęcia podkreślały pierwotnie dwustronne kamienne schody wachlarzowe, niefortunnie zastąpione w 1825 kręconymi schodkami żeliwnymi. Płaskorzeźby chóru, wykonane niezbyt biegłym dłutem, zadziwiają pomysłowością i bogactwem motywów roślinnych i figuralnych, mających znaczenie dekoracyjne i symboliczne (ptaki na winnych gronach i z obrączkami w dziobie). Głowy na kluczach arkad tworzą tajemniczy zespół oparty na jakiejś opowieści biblijnej (głowa w koronie na arkadzie środkowej, to król Dawid lub Salomon). Wraz z głowami na arkadach międzynawowych stanowią one teściową całość. Organy fundacji Maurycego Zamoyskiego pochodzą z 1895.
W podchórzu zgromadzone są feretrony (dwustronne obrazy procesyjne). Wyróżnia się rokokowy feretron z 2 poł. XVIII w. z przedstawieniem św. Dominika klęczącego przed Madonną z Dzieciątkiem, w bogatym obramowaniu snycerskim.
W nawie pn., przy ścianie zach. obok chóru — okazała barokowa chrzcielnica z brązu w kształcie muszli, z wazą podtrzymywaną przez aniołki. Na stopie finezyjne, płaskorzeźbione sceny biblijne z sentencjami nawiązującymi do Sakramentu Chrztu. To znakomite dzieło włoskiej lub francuskiej sztuki odlewniczej, jedyne tego typu w Polsce z doby baroku, pochodzi z 2 ćwierci XVII w. Obok stoi rokokowy ołtarzyk chrzcielny z ok. 1780, o oryginalnej formie, z płaskorzeźbioną sceną chrztu, słabego dłuta lokalnego snycerza.
W pierwszej od zach. przy nawie pn. kaplicy Akademickiej późnobarokowy ołtarz z 2 figurami doktorów Kościoła i obrazem św. Jana Kantego, patrona Akademii. Nad obrazem kartusz z herbem Akademii. Na ścianie pn., w rogu kaplicy epitafium z popiersiem Dominika Convalisa, franciszkanina, Włocha z Neapolu, profesora teologii w Akademii i cenzora ksiąg drukarni akademickiej (zm. 1605). Epitafium to, o cechach manieryzmu krakowskiego-pińczowskiego, odkuł w Zamościu niezbyt zdolny rzeźbiarz, zapewne Błażej Gocman.
W drugiej kaplicy nawy pn., Zwiastowania NMP, znajduje się znakomity obraz ołtarzowy o tej tematyce, z 1650, sprowadzony z Włoch przez Jana Zamoyskiego Sobiepana. Ta swobodna barokowa kopia słynnego wizerunku z XIV w. z kościoła Santissima Annunziata we Florencji jest zapewne dziełem florenckiego malarza Carlo Dolciego. Data 1650 (Anno S. MDCL) widoczna na oparciu ławy. Z ust Marii płynie odwrócony napis: „Ecce Ancilla Domini” („Oto służebnica Pańska”).
Wykonany wg tego samego florenckiego pierwowzoru obraz Zwiastowania NMP z XVII w. umieszczony jest w katedrze poznańskiej. Z kolei obraz zamojski został skopiowany w 1839 przez Feliksa Pączarskiego i znajduje się w kościele parafialnym w Tarnogórze k. Krasnegostawu.
Na przeciwległej ścianie kaplicy podwójne epitafium: Maryny z Obrowskich Leśniewskiej, starościny raciborskiej (zm. 1612) i syna jej z pierwszego małżeństwa, Andrzeja Boremelskiego (zm. 1610). Dzieło to, odznaczające się bogactwem manierystycznych form dekoracyjnych o typie niderlandzkim i żywą polichromią, pochodzi z tego samego gdańskiego warsztatu (prawdopodobnie van den Blocków), co epitafium Piaskowskiego.
Na trzecim filarze międzynawowym od strony nawy bocznej umieszczone jest wczesnobarokowe epitafium Pawła Paczyńskiego, sekretarza królewskiego (zm. 1626); od strony nawy głównej — epitafium Marcina Jesiotrowskiego (zm. 1626).