Wysoki poziom uczelni zapewniało za czasów Jana Zamoyskiego grono 15 profesorów, wśród których byli wybitni uczeni: obok wszechstronnie wykształconego Stefanidesa — prawnik Tomasz Drezner (autor cenionych prac z dziedziny prawa polskiego), filozof Adam Burski (zajmował się logiką i metodologią nauki), medyk Ursinus — Jan Niedźwiedzki (autor rozprawy o układzie kostnym człowieka). Okres świetności Akademii był krótki, trwał do ok. 1620. Mimo że uczelnia, korzystając z praw uniwersyteckich, zaczęła nadawać od 1639 doktoraty z prawa, nie podniosło to jej prestiżu. Jako absolwenci opuszczali jej mury przede wszystkim prawnicy — notariusze. Kwitły jedynie popisy oratorskie oraz teatr akademicki. Pisanie panegiryków na cześć Zamoyskiego i innych możnych stało się głównym i ulubionym, bo intratnym zajęciem wielu profesorów. Nie wykazywali należytej troski o Akademię ordynaci, spadkobiercy Jana Zamoyskiego. Profesorowie kanonicy bardziej pilnowali swoich beneficjów kościelnych niż dydaktyki akademickiej, wyznaczając zastępców do prowadzenia wykładów. Całkowity rozkład życia akademickiego stwierdzili biskupi chełmscy, pełniący funkcję kanclerzy uczelni, wizytujący Akademię Zamojską w 1663 i 1678.
Reforma przeprowadzona w połowie XVIII w. przez przysłanego z Rzymu bpa Jerzego Laskarysa nieco dźwignęła uczelnię, ale nie na długo. W 1784 Akademia Zamojska została zamknięta przez zaborcze władze austriackie, które otworzyły w jej miejsce Liceum Królewskie, przekształcone na przełomie XVIII i XIX w. w Szkołę Wojewódzką im. Zamoyskich. Pod światłym patronatem ordynatów: Andrzeja, kanclerza wielkiego koronnego oraz Stanisława Kostki Zamoyskich Szkoła osiągnęła bardzo wysoki poziom. Miała laboratorium fizyczne, gabinet mineralogiczny zorganizowany staraniem S. Staszica i salę rysunkową (zajęcia prowadził Benedykt Ittar). Na zakończenie roku szkolnego ogłaszano konkursy.
Znakomity rozwój Szkoły Wojewódzkiej przerwały działania wojenne w 1809. Po dwuletniej przerwie reaktywowano Szkołę, ale już na nowym miejscu, w Szczebrzeszynie. Państwowe Gimnazjum Męskie w Zamościu zostało otwarte w czasie I wojny światowej w 1916, podczas okupacji austriackiej. W 1. 1918—19 pracował tu jako nauczyciel Maciej Rataj, wybitny działacz ruchu ludowego, marszałek Sejmu RP (tablica pamiątkowa na fasadzie). W 1919 dzięki inicjatywie prof. Stefana Milera powstał pierwszy w Polsce Szkolny Ogród Przyrodniczy „ZOO”, a dzięki staraniom prof. Michała M. Pieszki przy gimnazjum w 1. 1933—36 znalazło miejsce skromne muzeum. W powojennym I Państwowym Liceum im. Jana Zamoyskiego, gdzie pobiera naukę ok. 800 uczniów, wyrazem przywiązania do tradycji historycznej jest bogata izba pamiątek.
W nawiązaniu do tradycji Akademii Zamojskiej, została tu otwarta 22 VII 1961 Filia Uniwersytetu im. Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie. Obecnie znajduje się tu punkt konsultacyjny Zawodowego Studium Administracyjnego. Kształci ok. 250 słuchaczy. Gmach d. Akademii jest też siedzibą Zamojskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk, założonego w 1967.
Z Akademią Zamojską ściśle związane były dzieje słynnej drukarni, której początki były równoczesne i współzależne z początkami organizacji Akademii. Powstała w 1593/94 z inicjatywy Jana Zamoyskiego, przy współpracy Szymona Szymonowicza. Po pomoc sięgnięto początkowo do krakowskiej oficyny Mikołaja Szarfenbergera. Pierwszym drukiem zamojskim była odezwa ogłaszająca powstanie Akademii, wydana 5 IV 1594. Tegoż roku ukazały się pierwsze podręczniki akademickie: 2 gramatyki języka łacińskiego, św. Augustyna i Donata. W drukach tych Akademię nazywa się Hippeum Zamojskim — szkołą rycerską. Od 1597 drukowano także dzieła alfabetem greckim. Jan Zamoyski zapisał w testamencie drukarnią Akademii. Pierwszym typografem akademickim był Marcin Łęski. W 1 ćwierci XVII w. wydano w oficynie wiele cennych dzieł, głównie z zakresu prawa i medycyny.
Tu po raz pierwszy były wydane w 1614 „Sielanki’ Szymonowicza. W 1627 drukarnia, znajdująca się w osobnym budynku, uległa pożarowi. Później mieściła się we wsch. skrzydle nowego gmachu Akademii.
Od 2 ćwierci XVII w. równocześnie z Akademią drukarnia obniżyła swój poziom i wydawała niemal wyłącznie panegiryki (głównie na cześć Zamoyskich), kazania i kalendarze. Rozgłos zyskały kalendarze zamojskiego matematyka Stanisława Duńczewskiego, wydawane od 1726 przez pół wieku. Wartościowsze publikacje zaczęły pojawiać się znowu po połowie XVIII w., wskutek reformy Akademii przeprowadzonej przez bpa Laskarysa. Po likwidacji Akademii w 1784 drukarnia pracowała na rzecz Liceum Królewskiego i ordynacji (dzieła rolnicze z „Dziennikiem Ekonomicznym” na czele). Na uwagę zasługuje polskie tłumaczenie francuskiego dziełka Bosia „Fundamenta początkowe reguł rysunkowych” (1805). Podręcznik ten, przeznaczony dla uczniów Szkoły Wojewódzkiej im. Zamoyskich, najlepiej świadczy o ambicjach artystycznych środowiska. Odrodzenie typografii zamojskiej przerwały wypadki wojenne w 1809. Do dawnych tradycji nawiąże założona w 1921 Drukarnia Sejmiku Zamojskiego.
Przy ul. Akademickiej zgrupowane są domy związane historycznie z Akademią i kolegiatą.
Ul. Akademicka nr 6. Dom w sąsiedztwie gmachu d. Akademii pochodzi z początku XX w.; przed 1939 był siedzibą starostwa. Wzniesiony został na miejscu tzw. scholasterii z XVII w., siedziby scholastyka, drugiego po infułacie dostojnika kapituły zamojskiej.
Urząd scholastyka, ustanowiony w 1609 do nadzoru i administracji Akademii Zamojskiej, istniał do czasu likwidacji uczelni w 1784. Pierwszym scholastykiem był ks. Wojciech Borzęcki. Scholasteria zbudowana była jako dom dla księży profesorów, który dopiero w 1698 został oddany scholastykowi. Podobnie jak inne kamienice, dom miał podcienia od strony obecnej ul. Kołłątaja, dla zachowania harmonii miejskiego zespołu architektonicznego.
Ul. Akademicka nr 4. Dwupiętrowy dom d. seminarium duchownego, wczesnobarokowy, wzniesiony był w połowie XVII w., zapewne wg proj. Jana Jaroszewicza w związku z ufundowaniem w 1640 seminarium przez ordynatową Katarzynę z Ostrog-skich Zamoyską. W okresie Królestwa Polskiego był siedzibą oficerskiego Korpusu Inżynierów, który pod kierunkiem gen. J. Ch. Mallet-Malletskiego opracowywał projekty przebudowy Zamościa. Dom jest najstarszym przykładem architektury barokowej w Zamościu, ma charakterystyczną dla tego stylu fasadę opiętą korynckimi pilastrami w wielkim porządku, biegnącymi przez 2 górne kondygnacje. Wnętrze jest pięciotraktowe wskutek połączenia właściwego dwutraktowego gmachu d. seminarium od frontu z sąsiednią trzytraktową kamienicą. Zachowały się pięknie sklepione sienie w przedniej części korpusu, a w głębi sienie prostopadłe. W sieni na parterze rzadki motyw wnęk konchowych podkreślających reprezentacyjny charakter budowli. Obszerna klatka schodowa przy sieni w drugim trakcie świadczy o rozmachu ówczesnej architektury. W pomieszczeniach na parterze również zachowały się sklepienia. W gmachu mieszczą się różne instytucje i organizacje.