W sprzężonym układzie rezydencji i miasta naczelne miejsce przypadło rezydencji, wydzielonej niegdyś fortyfikacjami bastejowymi i panującej nad miastem „jak głowa nad członkami ciała”. Na pałac została skierowana główna arteria o kierunku wsch.-zach., biegnąca przez środek miasta (d. ul. Grodzka, obecnie Lenina). W kierunku pałacu biegną też wszystkie inne ulice wzdłużne. Skierowane na pn.-pd. arterie poprzeczne akcentują 2 odmienne centra miasta. Poprzeczny długi plac przed rezydencją (obecnie ul. Akademicka) koncentrował życie duchowieństwa i dworu. Równoważne ramiona na przeciwległych krańcach placu utworzyły Akademia i kolegiata, powiązane ze sobą organizacyjnie. Na drugą oś poprzeczną (ul. 1 Maja i ul. Moranda) zostały „nanizane” 3 kwadratowe rynki otoczone podcieniami: środkowy Rynek Wielki (obecnie pl. Mickiewicza), pn. Rynek Solny i pd. Rynek Wodny. Tu skupiało się życie mieszczańskie i handlowo-rzemieślnicze. Gmach ratusza został usytuowany nie na środku Rynku Wielkiego, ale z boku, w pierzei pn., aby nie stanowił konkurencji dla pałacu. Układ ulic jest prosty, szachownicowy. Na regularnych parcelach powstała harmonijna zabudowa, początkowo drewniana, od końca XVI w. stopniowo zamieniana na murowaną. Rynki zostały otoczone domami podcieniowymi na wzór miast włoskich, ale wysokie attyki wieńczące fasady nadawały im specyficzne polskie piętno. Domy podcieniowe znalazły się także na ulicach biegnących ku pałacowi wzdłuż pierzei Rynku Wielkiego. Sprawa jednorodnej zabudowy murowanej była regulowana specjalnymi edyktami wydawanymi przez fundatora i jego następców w XVII i XVIII w.
Miasto otoczone potężnymi fortyfikacjami bastionowymi systemu nowowłoskiego, projektowanymi i budowanymi przez Moranda od ok. 1585, ukończonymi przez inż. Andrea dell’Aqua w 1619. Nieregularny kształt pięcio-boczny był podyktowany konfiguracją terenu. Do miasta prowadziły 3 bramy: od pn. Lubelska, od pd. Szczebrzeska, od wsch. Lwowska. W pobliżu Bramy Szczebrzeskiej i pałacu usytuowano arsenał. Od pd. i zach. miasto chronione było zalewem utworzonym przez wody Łabuńki i Topornicy spiętrzone systemem tam i grobli. Rozplanowane równocześnie z miastem przedmieścia rozciągały się na pn. wzdłuż traktu lubelskiego, na pd. wsch. wzdłuż traktu lwowskiego. Początkowo fundator przewidywał budowę tylko jednej świątyni, rzymskokatolickiej kolegiaty, ale niebawem, od 1585, pozwolił na osiedlenie się innowiercom i budowę nowych świątyń, które zostały usytuowane we wsch. części miasta (kościół ormiański, kościół grecki, bóżnica). Świątynie te, początkowo drewniane, w 1 poł. XVII w. przebudowane zostały na budynki murowane o oryginalnych kształtach, zapewne wg proj. Jana Jaroszewicza i Jana Wolffa. W XVII w., w dobie zwycięskiej kontrreformacji i baroku przybyło kilka kościołów klasztornych — najpierw okazały kościół Franciszkanów, następnie skromniejsze Bonifratrów, Reformatów, Klarysek, projektowane przeważnie przez inż. Jana Michała Linka. W XVIII w. powstały nowe akcenty w panoramie miasta: dzwonnice przy kolegiacie i kościele Franciszkanów. Zmienił się też kształt rezydencji ordynatów, pozbawiony teraz fortyfikacji bastejowej. W miejsce attyk pojawiły się na wielu budowlach późnobarokowe dachy mansardowe.
Miasto Jana Zamoyskiego i Moranda, wzbogacone w XVII i XVIII w. wieloma dziełami Jaroszewicza, Wolffa, Linka, Jerzego de Kawe, doznało gwałtownej przemiany w czasach Królestwa Polskiego w związku ze zmianą charakteru — z miasta prywatnego na państwową twierdzę. Uległy modernizacji fortyfikacje wg proj. opracowanych pod kierunkiem gen. Jana Ch. Mallet-Malletskie-go. Stare bramy miejskie w nowym układzie zastąpiono nowymi, nieco inaczej usytuowanymi. Architektura forteczna, oparta na wzorach francuskiej szkoły Duranda, była nowym wartościowym elementem, podobnie jak zabudowa miejska regulowana przepisami budowlanymi z czasów Królestwa Polskiego. Natomiast dużą szkodę przyniosło adaptowanie na koszary, więzienia i magazyny wielu budowli, łącznie z kościołami pozakonnymi. Wiele obiektów uległo rozbiórce (klasztor Franciszkanów z dzwonnicą, klasztory Reformatów i Bazylianów, kościół ormiański); inne przebudowano pozbawiając je dawnej urody (pałac, gmach Akademii, ratusz). W połowie XIX w. prawie wszystkie kamienice utraciły koronkowe attyki. Dopiero prace konserwatorskie przeprowadzone w okresie dwudziestolecia międzywojennego i po ostatniej wojnie przywróciły pierwotne kształty wielu budowlom (ratusz, częściowo kamienice w Rynku Wielkim).
Architektura Zamościa, wyrosła na regularnym idealnym planie urbanistycznym Moranda, jest zespołem z różnych okresów stylowych — od późnego renesansu do neoklasycyzmu (późniejsze dodatki są nieznaczne). Sławę miasta wyjątkowego zawdzięcza Zamość zabudowie Rynku Wielkiego ze wspaniałym ratuszem i z kamienicami podcieniowymi, dzięki którym zyskał imię „miasta arkad odrodzenia”.
W modelu należy zwrócić uwagę na najważniejsze obiekty, które nie zachowały się do naszych czasów: kościół ormiański i wysoka dzwonnica przy kościele Franciszkanów. Wiele obiektów zostało tu przedstawionych w pierwotnym stanie, przed oszpecającą przebudową w XIX w., jak pałac Zamoyskich, kolegiata, kamienice z attykami, kościoły Franciszkanów, Reformatów i in.
W Kojcu, oprócz modelu miasta, umieszczono 19 fragmentów lapidarialnych z różnych budowli zamojskich: z pałacu (tralki balustrady), z przebudowanej w dobie Królestwa Polskiego Bramy Szczebrzeskiej (rokokowe latarnie), z kamienic i kościołów (tablica fundacyjna ordynata Tomasza Zamoyskiego z 1630 z kościoła św. Katarzyny w Szczebrzeszynie).