1658 W Warszawie odbył się ślub Jana Zamoyskiego Sobiepana z Marią de la Grange d’Arquien, późniejszą żoną króla Jana III; 30 III — przywitanie w Zamościu. Groźny pożar miasta: ogień strawił kilkadziesiąt kamienic, pałac, arsenał, nieukończony gmach Akademii, częściowo kolegiatę i dzwonnicę.
1660—63 Z inicjatywy Jana Zamoyskiego Sobiepana w pałacu odbywały się wybitne przedstawienia teatralne: „Cyda” Corneille’a w tłumaczeniu Andrzeja Morsztyna (1660) oraz pierwszego polskiego dramatu politycznego nieznanego autora „Polska napadnięta przez Szwedy” (1663).
1660—90 Wzrost fundacji kościelnych; budowa nowych kościołów i klasztorów: bonifratrów, klarysek, reformatów; dokończenie budowy kościoła Franciszkanów.
1663 W czasie wizytacji Tomasz Leżeński, biskup chełmski, kanclerz uczelni, stwierdził upadek i zaniedbanie Akademii.
1664 Połączony sąd radziecki i wójtowski wydał wyrok spalenia na stosie kilku kobiet posądzonych o czary; ordynat złagodził karę i kazał je ściąć. Wśród kobiet była Katarzyna Bielenkiewiczowa, żona wójta zamojskiego, ścięta na ratuszu.
1665 7 IV — zmarł bezpotomnie Jan Zamoyski Sobiepan, III ordynat.
1666 W Zamościu były 253 budynki, w tym 63 kamienice, 164 domy, 20 dworów i 6 chałup.
1666 – 77 Walka o ordynację między boczną linią Zamoyskich oraz rodami Wiśniowieckich i Koniecpolskich, spokrewnionymi z ostatnim ordynatem. Zamość we władaniu siostry Sobiepana — Gryzeldy Wiśniowieckiej, matki króla (1688—72), po jej śmierci — Stanisława Koniecpolskiego, siostrzeńca ostatniego ordynata (1673—76). W 1877 Sejm przyznał ordynację Marcinowi Zamoyskiemu, podstolemu lwowskiemu, który rozpoczął nową dynastię ordynatów.
1673 Groźny pożar pd.-zach. części miasta- spłonęły 202 domy.
1680 Uroczyste obchody setnej rocznicy założenia Zamościa.
1685—94 Modernizacja fortyfikacji twierdzy zamojskiej pod kierunkiem inż. J. M. Linka.
1691 Zamość z przedmieściami miał 341 domów oraz ok. 2050 mieszkańców.
1695 Kanclerz Akademii Zamojskiej biskup Stanisław Świrski stwierdził głęboki upadek uczelni i domagał się jej reform, przed czym bronili się profesorowie.
1696 Sprowadzenie sukienników z Rawicza.
1699 W Zamościu przebywał król August II, następnie car Piotr I.
XVIII w. (początek) W okresie wojny północnej Zamość nękany był kontrybucjami, dwukrotnie zagarnięty — przez wojska szwedzkie (1704) i saskie (1715—16); próbowały też zdobyć go podstępem oddziały rosyjskie (1706).
1704 Garnizon wojskowy liczył ok. 160 dragonów i 100 strzelców.
1706 Sprowadzenie bazylianów do Zamościa i oddanie im cerkwi Sw. Mikołaja położyło kres zaognionym stosunkom między schizmatykami i grekokatolikami.
1720 W kolegiacie i cerkwi Sw. Mikołaja odbył się synod zamojski pieczętujący unię kościelną w Rzeczypospolitej.
1738 Zlikwidowanie osobnej gminy Ormian wskutek zbyt małej liczby jej członków.
1740 Publiczna wystawa obrazów zorganizowana przez Piotra Parysa, nadwornego malarza Wiśniowieckich; ekspozycja liczyła kilkaset obiektów i pokazana była w Warszawie, Lublinie i Lwowie.
1751 Bezkrwawy najazd na Zamość Jana Jakuba Zamoyskiego, wymuszającego opiekę nad ordynacją po śmierci brata, ordynata Tomasza Antoniego i w czasie małoletności Klemensa.
1755 W arsenale znajdowało się 105 dział.
XVIII w. Realizacje architektoniczne w stylu późnobarokowym: przebudowa rezydencji, gmachu Akademii, budowa nowych schodów przed ratuszem i licznych obiektów sakralnych: klasztoru bazylianów, dzwonnicy franciszkańskiej, kaplicy Loretańskiej na Przedmieściu Lwowskim, kościoła Sw. Katarzyny na Przedmieściu Lubelskim, dzwonnicy przy kolegiacie. Zastój w budownictwie mieszczańskim.
1760 Uniwersał ordynata Klemensa Zamoyskiego reaktywujący (bezskutecznie) handel Ormian w Zamościu.
1763 W związku z groźnym pożarem ordynat zakazał wznoszenia w mieście budynków drewnianych.
1767 Po śmierci Klemensa ordynacja przeszła w ręce nowej linii Zamoyskich; IX ordynatem został Jan Jakub Zamoyski. Otwarcie studium filozoficznego dla bazylianów przy konwencie zamojskim.
1768 Garnizon twierdzy liczył 200 żołnierzy: 114 piechoty, 18 artylerzystów, 27 leib-dragonów, 41 dragonii polnej.
1771 Przedpola twierdzy zamojskiej były terenem walki konfederatów barskich pod wodzą Kazimierza Pułaskiego z rosyjskimi wojskami płk. Suworowa.
1772 W czasie I rozbioru Rzeczypospolitej Zamość został zajęty przez Austrię i włączony do Królestwa Galicji i Lodomerii. Twierdzę pozbawiono załogi wojskowej.
1780 Zamość wizytował cesarz austriacki Józef II.
1784 Władze austriackie zamknęły Akademię Zamojską i utworzyły Liceum Królewskie (późniejsza Szkoła Wojewódzka). Rozwiązano kapitułę przy kolegiacie oraz skasowano klasztory bonifratrów, franciszkanów, klarysek, reformatów.
XVIII/XIX w. Ożywienie życia kulturalno-naukowego w Zamościu dzięki oświeceniowemu mecenatowi ordynatów Andrzeja i Stanisława Kostki Zamoyskich. Publikacje naukowe z zakresu rolnictwa i przemysłu rolnego („Dziennik Ekonomiczny” od 1803); projekty klasycystycznej przebudowy pałacu wykonane przez wybitnych twórców krajowych i zagranicznych (przewidziane było utworzenie tu muzeum); znakomicie zorganizowano i wyposażono Szkołę Wojewódzką im. Zamoyskich (przeniesiona w 1811 do Szczebrzeszyna).
1809 Twierdza zamojska została obsadzona wojskami austriackimi, które zarekwirowały na cele wojskowe wszystkie kościoły poklasztorne. Pozostawiono tylko kolegiatę, cerkiew i bóżnicę.
1809 20 V — Zamość został zdobyty przez wojsko polskie ks. Józefa Poniatowskiego i wcielony do Księstwa Warszawskiego.
1809—13 Pierwszy etap modernizacji fortyfikacji pod kierunkiem gen. Jana Chrzciciela Mallet-Malletskiego.
1810 Liczba mieszkańców (bez wojska) wynosiła 4065.
1813 Ośmiomiesięczna obrona Zamościa pod dowództwem gen. Maurycego Haukego w czasie oblężenia wojsk rosyjskich (kapitulacja 25 XI).
1815 Po kongresie wiedeńskim Zamość znalazł się w granicach Królestwa Polskiego.