1817—31 Przekształcenie Zamościa w silną twierdzę o dużym znaczeniu strategicznym, przy granicy z Austrią. Twierdza była jednocześnie głównym więzieniem wojskowym Królestwa. Zamiana wielu budowli publicznych i budynków klasztornych na koszary, więzienia i magazyny wojskowe. Przebudowa wielu budynków w duchu surowego klasycyzmu dla nadania im charakteru koszarowo-więziennego (gmach Akademii, ratusz, pałac, kościół poreformacki i in.); zubożono nawet kolegiatę; niektóre budowle sakralne rozebrano (klasztory franciszkanów, reformatów, kościół ormiański).
1821 Ostateczne podpisanie układu z ordynacją o upaństwowieniu Zamościa w zamian za inne dobra państwowe.
1821 – 31 Modernizacja fortyfikacji twierdzy zamojskiej przez Korpus Inżynierów Wojskowych pod dowództwem gen. J. Ch. Mallet-Malletskiego. Budowa poszerzonych fortyfikacji ziemnych z kazamatami, wzniesienie nowych bram Lwowskiej i Lubelskiej, potężnych nadszańców oraz działobitni w kształcie rotundy. Utworzenie wolnego przedpola wokół fortyfikacji na odległość 1200 m przez wyburzenie bliskich przedmieść i przeniesienie ich mieszkańców do nowo rozplanowanych: Nowej Osady przy trakcie lwowskim oraz Przedmieścia Lubelskiego przy trakcie lubelskim; wieś Janowice przeniesiono na lewy brzeg Łabuńki.
1822 Przeniesienie samorządu miasta z ratusza śródmiejskiego do Nowej Osady. Zamość liczył 4709 mieszkańców.
1824 – 26 W twierdzy zamojskiej więziony był przez 2 lata działacz patriotyczny mjr Walerian Łukasiński.
1827 Pożar miasta, odbudowywanego potem zgodnie z normami ustawy budowlanej Królestwa Polskiego.
1830 Garnizon wojskowy liczył: 2 generałów, 10 sztabsoficerów, 156 oberoficerów, 475 podoficerów, 3617 żołnierzy, 154 muzykantów, 230 „niefartowych”, razem 4652 osoby (27 IX).
1831 W czasie powstania listopadowego twierdza zamojska, dowodzona przez gen. Jana Krysińskiego, była bazą dla pomyślnych działań wojsk polskich na pd.-wsch. terenie kraju i siedzibą władz administracyjnych woj. lubelskiego. Zamość skapitulował 21 XI, jako ostatni punkt oporu w kraju.
1833 Usunięto zabudowę z wytyczonego wcześniej pasa 1200 m wokół fortyfikacji. Pozwolenia wydawano tylko na budowę budynków drewnianych na dalszych przedmieściach.
1831—86 Zamość nadal silną fortecą, wciąż modernizowaną, obsadzoną przez wojska rosyjskie.
1836 Spuszczono wielki staw pd. i osuszono błota celem podniesienia warunków zdrowotnych w twierdzy. Rozbudowa fortyfikacji ziemnych i wzniesienie na fosach 5 kojców.
XIX w. (połowa) Zlikwidowano attyki na kamienicach rynkowych, które podwyższono.
1865 Zamość liczył 4033 mieszkańców (bez garnizonu), wśród których przewagę mieli Żydzi.
1866 Likwidacja twierdzy zamojskiej jako przestarzałej; częściowe wyburzenie fortyfikacji.
XIX w.(koniec) Śródmieście ponownie stanowiło centrum administracyjno-handlowe miasta. Wzrastała liczba mieszkańców, szybki był rozwój przestrzenny Zamościa uwolnionego z zakazów budowlanych. Pojawiały się pierwsze oznaki uprzemysłowienia (klinkiernia zatrudniająca ok. 70 osób). Dla stacjonujących tu nadal wojsk rosyjskich wzniesiono koszary i cerkiew na Przedmieściu Lubelskim. Zamość znów pełnił rolę stolicy subregionu.
1897 Zamość liczył 10 963 mieszkańców.
1915 Miasto otrzymało połączenie kolejowe dzięki budowie linii Rejowiec-Bełżec, co przyspieszyło jego rozwój; powstały przemysł drzewny (tartaki, stolarnie) oraz fabryka narzędzi rolniczych.
1916 Władze austriackie okupując Zamość w czasie I wojny światowej pozwoliły na przywrócenie polskiego szkolnictwa.
1918 Pod wpływem haseł rewolucji październikowej nastąpiło w Zamościu i na Zamojszczyźnie ożywienie ruchu rewolucyjnego: utworzenie koła SDKPiL, zorganizowanie Rady Delegatów Robotniczych oraz Milicji Obywatelskiej (na czele Ignacy Kowalski), utworzenie Rady Żołnierskiej i Czerwonej Gwardii (na czele kapral Piotr Grabczak) oraz wspólnej Rady Robotniczo-Żołnierskiej pod przewodnictwem Antoniego Albrechta. Konsekwencją tego ruchu było 28—30 XII powstanie zbrojne w Zamościu o charakterze rewolucyjnym, w którym oprócz robotników i służby folwarcznej wzięło udział ok. 100 żołnierzy miejscowego garnizonu, dowodzonych przez kaprala Grabczaka. Na czele Komitetu Rewolucyjnego stał Albrecht. Powstanie zostało stłumione przez przybyły z Lublina batalion wojska pod dowództwem płka Lisa-Kuli. Powiększenie terytorium miasta przez przyłączenie Piask, Kolonii Pod-Topole, Janowic, Kalinowic Rządowych, Wólki Infułackiej.
1918 – 39 Zamość — ośrodkiem kulturalnym subregionu o interesujących inicjatywach: powszechne wykłady profesorów z uniwersytetu i politechniki lwowskiej (1918—20), działalność wydawnicza „Księgami Polskiej” braci Pomarańskich (1917—36; m. in. wydawanie serii prac naukowo-regionalnych „Biblioteka Zamojska” oraz miesięcznika „Teka Zamojska”), działalność kulturalna i bibliofilska Koła Miłośników Książki (1923—39), powołanie do życia Muzeum Ziemi Zamojskiej (1926), organizacja naukowego Zjazdu Szymonowiczowskiego (1929). Czynnych było 8 szkół średnich, m. in. 2 licea ogólnokształcące (męskie i żeńskie), szkoła muzyczna, seminarium nauczycielskie, wzorowa szkoła rolnicza w zespole nowych budynków w Janowicach i in.